败血症需要与以下几种疾病进行鉴别：
1. 粟粒性结核：多有结核史或阳性家族史，起病较缓，持续高热，毒血症症状较败血症为轻，可有气急、紫绀及盗汗，血培养阴性，起病2周后胸部X线拍片可见均匀分布的粟粒型病灶。
2. 疟疾：虽有寒战、高热，但有明显的间歇缓解期，恶性疟发热、寒战多不规则，但白细胞总数及中性粒细胞分类不高，血培养阴性，血液及骨髓涂片可找到疟原虫。
3. 大叶肺炎：病前常有受寒史，除寒战、高热外，尚有咳嗽、胸痛、咳铁色痰等呼吸道症状，体检肺部有实变征，胸片示大片炎性阴影，血培养阴性。某些败血症常继发于肺炎病变基础上，此时血培养可发现阳性致病菌。
4. 伤寒与副伤寒：某些革兰阴性败血症的临床表现类似伤寒、副伤寒，也有发热、相对缓脉、肝脾肿大、白细胞总数不高等改变，但伤寒、副伤寒发热多呈梯形上升，一周后呈稽留热，有特殊的中毒症状如表情淡漠、听力下降等，起病后第6日可出现玫瑰疹。白细胞总数下降明显，中性粒细腻减少，肥达氏反应阳性，血及骨髓培养可发现致病菌。
5. 恶性组织细胞增多症多见于青壮年，持续不规则发热伴恶寒，常出现消瘦、衰竭、贫血，肝脾及淋巴结肿大，出血倾向较明显。白细胞总数明显减少。血培养阴性。抗生素治疗无效。血液和骨髓涂片、淋巴结活检可发现恶性组织细胞。
6. 成人斯蒂尔病：为变态反应性疾病，主要表现为发热、皮疹和关节痛，与败血症的典型临床症状一致，皮疹较为短暂，且会反复出现，热退疹退特点，一般没有毒血症状。
7. 伤寒：高热，热型为稽留热，同时会出现相对的脉缓、反应迟钝，以及腹痛、腹泻或便秘等消化系统症状。可通过临床表现鉴别诊断。
8. 粟粒性肺结核：起病急，高热不规则、寒战，多伴有盗汗、总体毒血症状不重，可伴食欲不振，也可出现咳嗽等呼吸系统症状。患者常有结核病史或家族史，可以此鉴别诊断。
