虽本综合征据称也多与类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、风湿性多肌痛、甲状腺功能减退症并存(在我国似也不多见)，但这些病都各具特点鉴别并不困难。鉴别较困难的有以下疾病。
1.精神性风湿病 纤维肌痛综合征易与精神性风湿病相混淆，但两者有显著不同。精神性风湿病有带感情色彩的症状。如把疼痛描述成刀割火烧样剧痛，或描述为麻木、发紧、针扎样或压迫性疼痛。这些症状常定位模糊，变化多端，无解剖基础，且不受天气或活动的影响，患者常有精神或情感紊乱，如精神神经病、抑郁、精神分裂症或其他精神病。区别两者是重要的，因前者更难处理，常需精神病专家治疗。
2.慢性疲劳综合征 慢性疲劳综合征包括慢性活动性EB病毒感染和特发性慢性疲劳综合征。表现为疲劳、乏力，但缺少基础病因。检查患者有无低热、咽炎、颈或腋下淋巴结肿大，测定抗EB病毒包膜抗原抗体LgM，有助于鉴别二者。
3.风湿性多肌痛 风湿性多肌痛表现为广泛性颈、肩胛带、背及骨盆带疼痛。但根据血常规、60岁以上的老人、滑膜活检示炎性改变、对激素敏感等特点，可与纤维肌痛综合征相鉴别。
4.类风湿关节炎 RA和纤维肌痛综合征病人均有全身广泛性疼痛、发僵及关节肿胀的感觉。但纤维肌痛综合征的关节无肿胀的客观证据，它的晨僵时间比RA短，实验室检查包括类风湿因子、血沉、关节X射线片等也都正常。纤维肌痛综合征的疼痛分布范围较广，较少局限于关节，多位于下背、大腿、腹部、头部和髋部，而RA的疼痛多分布手腕、手指和足趾等部位。
5.肌筋膜痛综合征 肌筋膜痛综合征亦称局限性纤维炎，也有深部压痛点，易与纤维肌痛综合征相混淆。但两者在诊断、治疗和预后都有不同之处，见(表1)。
