小儿色素荨麻疹的病因尚不完全清楚，可能与多种因素有关。
1.研究表明，该病可能与遗传因素有关，有家族遗传倾向，可为常染色体显性遗传或常染色体隐性遗传。如果家族中有人患有该病，下一代或隔代患病的几率会大于常人。
2.物理因素如阳光紫外线过强、温度过高或湿度过大等，可能会诱发小儿色素荨麻疹的出现。
3.食物过敏也是小儿色素荨麻疹的常见原因，有些婴儿色素性荨麻疹是通过母乳传播所致，部分婴儿可因为直接进食某些食物而患病，比如鸡蛋、鱼、虾等海鲜类食物。
4.有些药物如疫苗接种等，可能会导致小儿色素荨麻疹的发生。
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