卵巢囊肿长期存在，可能会引起一些并发症。这些并发症包括：
1、卵巢破裂：有自发性破裂和外伤性破裂两种，前者多因囊肿恶变生长迅速引起，后者可因腹部受到重击、性交、盆腔检查等引起。小的囊肿或单纯浆液性囊腺瘤破裂时，患者仅有轻度的腹部疼痛；大囊肿或畸胎瘤破裂后，患者常有剧烈的腹痛、恶心、呕吐等，囊肿越大，破裂的风险就越大。破裂也可导致腹腔内出血、休克。破裂者需立即手术，切除的标本需送病理学检查。
2、卵巢囊肿蒂扭转：通常在突然改变体位，或妊娠期、产褥期子宫大小、位置改变时发生蒂扭转。此外，扩大的囊肿可导致卵巢移动，提高了扭转的发生率。患者常突然出现下腹部剧烈疼痛，伴有恶心、呕吐甚至休克。扭转可以使流向卵巢的血流受阻，从而导致卵巢坏死，一经确诊，应尽快行手术治疗。
3、感染：比较少见，多继发于蒂扭转或囊肿破裂，表现为发烧、腹痛。实验室检查见白细胞升高，应进行抗感染治疗，手术切除囊肿。
4、恶变：囊性肿瘤如果生长迅速，尤其是双侧患病者，应考虑恶变的可能，应尽早手术。绝经后形成的卵巢囊肿，其癌变的可能性较大。
5、提前衰老：卵巢囊肿长久不治疗，会使得女性内分泌失调，脸上无光泽，提前进入老年状态，随之而来会导致面无血色、痤疮色斑、面黄肌瘦等情况。
