1.细菌学检验 不同的菌株或核糖分型有不同的致病力，核糖分型对囊性纤维化患者进行肺移植术前评价其感染的相对危险性是有用的。
根据病情需要，可采取痰液、支气管肺泡灌洗液、胸腔脓液、血液、腹水、尿等标本。血液标本必须先进行增菌培养后分离培养，其他标本可直接画线接种血琼脂和麦康凯琼脂平板，根据其在血琼脂或麦康凯琼脂平板上的菌落特征、形态、染色，结合进一步的生化反应试验进行鉴定。在常规痰培养基上，洋葱假单胞菌生长缓慢，菌落形态多种多样，铜绿假单胞菌和洋葱假单胞菌共生时，前者生长速度明显超过后者，所以易和铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌混淆。本菌的培养还可采用选择性培养基，如多粘霉素-羧噻吩青霉素PC培养基。
现已成功地应用种系特异的聚合酶链反应(PCR)和DNA杂交技术区别洋葱假单胞菌和铜绿假单胞菌，痰制备、PCR、DNA杂交过程能在一天内完成，次日即可看到放射自显影结果。
洋葱假单胞菌分型方法有：质粒分析，通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)比较DNA指纹类型核糖分型，细菌素分型，血清分型，生化试验，结合表型分析通过PFGE获得DNA指纹，线粒体DNA限制性酶切片段类型分析，细胞外产物类型分析等。有研究发现洋葱假单胞菌分离菌株的表现型多变，在一定时间内从一个病人身上分离到的细菌菌落外观、抗生素敏感性、色素产物均不一样。核糖分型可区分一个菌落衍生的所有分离菌。表现型的多样性可能为不同基因表达的结果。
2.外周血白细胞增高，血沉加快，C-反应蛋白增多。
X线表现：肺实质浸润常为肺叶性，偶有广泛性改变，可有空洞形成。肺功能FEV1、FEV1/FVC进行性下降。
