核磁共振反映人体的正常结构和病变的组织，如检查脑出血或梗死病灶，脑肿瘤或炎症、脑血管畸形。核磁共振，是一种重要的影像学检查，可以清楚的反映人体的正常结构和病变的组织。以头颅磁共振为例，可以显示急性缺血性脑血管病，在九十分钟就可以清楚的区分，是一个新鲜的梗死，还是一个陈旧的梗死。此外可以显示脑部的肿瘤、炎症，还有一些退行性病变，对于脑部的萎缩，脑容积的减少，也可以清楚的显示。如果打造影剂，还可以进行增强的磁共振检查，对于一些炎症性疾病、肿瘤性的疾病有鉴别诊断的意义。磁共振检查还可以评估血管的情况，如头颅的MRA检查，可以清楚的反映血管是否存在狭窄或者畸形等。
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